解码基因组表观遗传信息是当今生命科学的研究热点和前沿领域。DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰，在维持高等生物正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育、衰老以及肿瘤发生等生物学过程中起着重要作用。目前关于DNA甲基化的研究多集中在少数模式生物上。而对众多非模式生物类群的基因组甲基化模式及调控机制仍所知甚少。究其原因，是目前主流的全基因组DNA甲基化检测技术难于应用于无参考基因组的非模式生物。本研究中，课题组研发了适用于非模式生物的高效、低成本全基因组DNA甲基化检测技术MethylRAD，利用甲基修饰依赖型内切酶（Mrr-like enzyme）可产生等长标签的特性，通过对获取甲基化标签的高通量测序，实现全基因组DNA甲基化的精确定量。与现有主流技术相比，MethylRAD技术优势主要体现在: (1)无需依赖参考基因组，(2)可实现对标签密度的灵活调节，(3)可对低至1ng起始DNA进行全基因组甲基化的精确定量。对MethylRAD在模式生物拟南芥上进行了全面的方法学验证，检出位点和测序深度的重复性达91%和95%以上，假阳性率可控制在0.1%以下。利用研发的MethylRAD技术，对“海大金贝”和普通虾夷扇贝进行了全甲基化组比较分析，筛查得到调控“海大金贝”闭壳肌类胡萝卜素积累的重要候选基因LPCAT1。相关论文已发表在英国皇家学会知名期刊《Open Biology》（IF：5.8）上。

论文链接：http://rsob.royalsocietypublishing.org/content/5/11/150130

Wang S, Lv J, Zhang L, Dou J, Sun Y, Li X, Fu X, Dou H, Mao J, Hu X & Bao Z. (2015) MethylRAD: a simple and scalable method for genome-wide DNA methylation profiling using methylation-dependent restriction enzymes. Open Biology. 5: 150130.