2b-RAD技术在扇贝全基因组选择育种中的应用潜力评估

全基因组选择(GS) 是利用基因组范围内的遗传标记对生产性状进行育种值估计，从而达到标记辅助选择育种的目的。然而该理论实施的前提是要有高密度的遗传标记，因标记开发和分型成本高昂，极大地限制了其在水生生物选择育种实践中的应用和推广。

近几年发展的高通量低成本的SNP分型技术如 2b-restriction site-associated DNA (2b-RAD）等为非模式生物遗传学研究提供了契机。本研究以虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis) 为例分析了该技术在全基因选择育种中的应用潜力。模拟分析表明尽管该技术只获得基因组部分标记信息，该标记密度下统计模型仍能够较准确的估计出个体的育种值。值得一提的是2b-RAD技术具有标签密度易于调节的优势，这为育种者在平衡分型成本和育种准确率之间提供了更多选择。我们对5个家系的349个虾夷扇贝进行2b-RAD标记分型（2,364个高质量SNPs标记），通过5倍交叉验证表明育种值的估计准确率在0.4左右。这些分析表明2b-RAD技术可以为水生生物分子育种研究提供理想的标记分型平台。相关工作发表于Nature出版集团旗下的综合性科学SCI期刊Scientific Reports上。

论文链接：http://www.nature.com/articles/srep19244

Dou J, Li X, Fu Q, Jiao W, Li Y, Li T, Wang Y, Hu X, Wang S & Bao Z. (2015) Evaluation of the 2b-RAD method for genomic selection in scallop breeding. Scientific Reports. 5: 19244.