近日，中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室、中国海洋大学三亚海洋研究院鱼类遗传育种团队张全启教授课题组在鱼类液相育种芯片研制方面取得重要进展。成功研发了金鲳20K液相育种芯片“金芯1号”。

金鲳学名卵形鲳鲹（Trachinotus ovatus），作为我国主要海水养殖的品种之一，年产量近25万吨，其具备深远海高密度网箱养殖的特征，使其成为深蓝渔业理想的养殖对象（图1）。然而，由于养殖群体间存在巨大个体差异和品质参差不齐等挑战，养殖业对良种需求与日俱增。针对上述问题，该团队开展了重要经济性状的遗传改良工作，并成功研制了低密度液相育种芯片。

图1 金鲳“晨海1号”

该款芯片基于金鲳高精度基因组数据和1142尾全基因组重测序数据，共开发了超过2,000万个位点，通过cGPS（Genotyping by Pinpoint Sequencing of captured targets）靶向测序分型技术研制了金鲳20K cGPS液相育种芯片“金芯1号”（图2A）。该芯片具备丰富的位点和良好的基因组分布好，整体panel包含 21,623个高质量SNP位点，其中Fst群体分化位点2,126个，性状关联位点1,591个（图2B）。经两轮测试，该芯片表现出良好的性能，具有高位点检出率（平均检出率为99.76%）和出色的稳定性（重复样本基因型一致率为99.81%）。该芯片的性状关联位点涵盖金鲳生长、性别、抗逆、抗病等重要经济性状，为种质资源的鉴定与评估、全基因组关联分析、分子标记辅助育种与全基因组选择育种以及重要经济性状基因的挖掘鉴定与功能解析等方面提供了强有力的支持（图2C、D）。

图2 “金芯1号”基本特征与性能评估

该项工作由中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室刘金相副教授主导完成，课题组博士生孙慧邦、赵文栋和硕士生夏冬雪参与了项目工作。研究工作得到国家重点研发计划项目、国家自然科学基金联合基金项目和崖州湾科技城重大项目等多方面的资助。