开展有代表性的藻类基因组学、功能基因组学研究，了解重要性状的遗传基础，探讨重要关键基因表达的调控网络及基因、环境和性状的相互关系，筛查克隆具有重要经济价值的功能基因并应用于种质改良；开展比较基因组学研究，了解生物重要性状起源、演化的基础，深入理解生命发生、发展的本质。开展有害藻华爆发与藻类毒素产生分子机制及其预报、控制技术研究。